ちょっと話題的には古いのかもしれませんが、Apple DeveloperのApple IDは2要素認証が必須になり、そのような警告メッセージが出ました。で、ある時から、2要素認証を「しないといけない」状況になりました。
そこで、appleid.apple.comで、2要素認証をオンにしてみたのですが、XcodeやDeveloperサイトでの状況は変わりませんでした。Xcodeでは署名のたびにパスワードを求められるのですが、それでも認証が通らなくなってきてなんとかしないといけなくなりました。appleid.apple.comで設定すればいいだけではないというのがポイントです。
で、どうすればいいかといえば、macOSのシステム環境設定にあるiCloudで、そのApple IDを入力します。しばらくすると、警告アイコンが出てきて、更新するみたいな内容のボタンが出てくるので、それをクリックしてしばらくすると、アカウントの情報が更新された模様です。そこまでくると、Xcodeでの認証が通るようになります。
多分、何かの具合で、appleid.apple.comでは更新ができない状態なのでしょうけど、iCloudで普段使っていないアカウントの場合、入力し直しになり、データが消えるみたいなメッセージに対処しないといけないわけですが、データはクラウドにあるので原則問題ないと思います。しかしながら、システム環境設定を変えるのは色々面倒と後の影響がきになるところですが、appleid.apple.comでダメだったら仕方ないので、iCloudでセットアップして、更新処理をmacOS側からやってください。